既然核定征收是為了盡可能還原真實的計稅依據(jù)，那么在核定的過程中，稅務(wù)機關(guān)要優(yōu)先選擇最能反映真實計稅依據(jù)的核定方法，并且納稅人如有特殊情況存在，稅務(wù)機關(guān)理應(yīng)充分考慮此特殊情況，以盡可能貼近真實的計稅依據(jù)查賬征收和核定征收的區(qū)別。

我國納稅人申報納稅的方式有兩種：自主申報(查賬征收)是主要方式，核定征收是次要方式。對于財務(wù)制度健全查賬征收和核定征收的區(qū)別，納稅信用度良好的企業(yè)適用查賬征收，對于賬簿設(shè)立不完善的企業(yè)，稅務(wù)機關(guān)無法掌握其經(jīng)營狀況，只能適用核定征收。稅收核定制度的建立，是以保障稅款不流失為目的，通過強制手段來保證征稅權(quán)的實現(xiàn)。因此，稅收核定制度是我國稅法體系中非常重要的部分。

稅收核定征收權(quán)司法控制中根本的問題在于實踐中司法能動性發(fā)揮得遠遠不夠，沒有真正發(fā)揮其監(jiān)督作用，究其原因有以下幾點：(一）保護納稅人的理念未落實“司法理念是人們在認識司法活動客觀規(guī)律過程中所形成的價值觀念，是指導(dǎo)社會主體參與或評價司法活動的思想準則?！?司法理念是司法制度的核心和基礎(chǔ)，在指導(dǎo)著制度設(shè)計的基礎(chǔ)上，規(guī)定著制度的運行和發(fā)展。核定征收權(quán)司法控制之所以難以起到應(yīng)有作用的一個很重要的原因就在于法院偏重于保障的稅收利益，沒有同等維護納稅人的民事和其他合法利益，指導(dǎo)司法活動的理念不夠科學(xué)。

正常情況下，納稅人在滿足課稅要件繳納稅款時，只需要根據(jù)自己的會計賬簿如實向稅款征納機關(guān)申報，納稅人承擔(dān)的稅收債務(wù)就會得到確定，這也就不會產(chǎn)生稅款核課的問題。但有時候，納稅人按照法律不需要設(shè)立賬簿，自然不能提供完整的會計賬簿自行申報納稅，根據(jù)稅收公平原則，這時稅務(wù)機關(guān)就要參照同類行業(yè)同類規(guī)模的其他企業(yè)或者法律規(guī)定的方法確定納稅人的應(yīng)納稅款額。

核定征收的適用條件，適用最多的規(guī)定是《稅收征收管理法》第三十五條。這一條中規(guī)定了適用核定征收的六種情形，具體包括：，依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定可以不設(shè)置帳簿的；依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定應(yīng)當(dāng)設(shè)置帳簿但未設(shè)置的；第三，擅自銷毀帳簿或者拒不提供納稅資料的；第四，雖設(shè)置帳簿，但帳目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查帳的；第五，發(fā)生納稅義務(wù)，未按照規(guī)定的期限辦理納稅申報，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)責(zé)令限期申報，逾期仍不申報的；第六查賬征收和核定征收的區(qū)別，納稅人申報的計稅依據(jù)明顯偏低，又無正當(dāng)理由的。

核定征收制度的設(shè)計，本身是出于對稅負公平原則的追求，據(jù)實納稅。但是，由于種種主客觀原因，使得核定的應(yīng)納稅額與實際還是可能有較大出入，從而無法起到實現(xiàn)公平的效果。其次，在核定征收時，稅務(wù)機關(guān)在適用條件和方法選擇上有很大的裁量空間，若被濫用很可能成為稅務(wù)機關(guān)權(quán)力尋租的手段，給納稅人的生產(chǎn)和生活造成惡劣的影響。稅務(wù)人員或者稅務(wù)機關(guān)整體有自己的利益追求，一旦發(fā)生權(quán)力尋租則會誘發(fā)腐敗。侵蝕稅基，損害的稅收利益。，濫用核定征收權(quán)會侵害納稅人權(quán)利，給納稅人財產(chǎn)造成損失。特別是核定征收畢竟是根據(jù)間接資料進行的蓋然性的衡量，往往會在存疑的情況下，傾向于保障稅收利益，而做出對納稅人不利的決定，這無疑是對納稅人財產(chǎn)的一種侵害。因此，為了保證核定征收權(quán)發(fā)揮其保障稅收利益和納稅人財產(chǎn)權(quán)益、公平稅負的作用，對稅收核定征收權(quán)進行控制的研究就極為重要查賬征收和核定征收的區(qū)別。